Como instituição de apoio para todas as universidades do Estado da Baviera, o BAYLAT estabelece parcerias estratégicas com o objetivo de intensificar um trabalho conjunto, em todos os níveis, com 20 países da América Latina. Em coordenação com os governos e as instituições de pesquisa destes países, a cooperação é constituída estrategicamente, com objetivos específicos, sendo firmada através da assinatura de um acordo. Desta forma, concretos objetivos em comum são estabelecidos e realizados, tais como:

• Planejamento e implementação de programas de financiamento conjunto nas áreas de pesquisa, acadêmica, mobilidade (por exemplo, as chamadas FAPESP/BAYLAT e CONICET/BAYLAT). Estes programas de financiamento podem ser utilizados por todas as universidades e cientistas da Baviera.
• Estabelecimento de sustentáveis alianças de pesquisa.
• Realização de reuniões de trabalho conjuntas e eventos científicos.

Tudo isso reforça a cooperação prática com os países dos respectivos parceiros estratégicos, potencializando a internacionalização das instituições, bem como proporcionando impulsos à pesquisa e ao ensino internacionais.